Custodito all’interno del seminario dei Chierici, il Museo Diocesano è scrigno di importanti suppellettili liturgiche del tesoro della Cattedrale e di opere d’arte sacra di altre chiese della Diocesi: tra i pezzi più importanti, la splendida croce processionale della chiesa Madre di Salemi, datata 1386, opera del maestro argentiere pisano Johannes de Cioni; e una collezione di reliquiari, tra cui quello di Santa Rosalia. Bellissime le sculture: il monumento funebre al vescovo Montaperto di Domenico Gagini, le statue di Sant’Ignazio e San Bartolomeo e un drammatico Christus patiens in alabastro carnicino attribuito ad Ignazio Marabitti. Nella pinacoteca, la decorazione dell’ex chiesa dei Gesuiti di Sant’ Ignazio di Loyola, opera del pittore trapanese Domenico La Bruna.