Il Santuario Mariano di Maria Santissima di Custonaci è di origini tardo cinquecentesche (ma restaurato nel XX secolo) e sorge su una precedente cappella dedicata alla Vergine. È il cuore della devozione di Custonaci: superato il sagrato in piccole pietre a motivi geometrici e floreali, e il bel portale ad archi ogivali, sormontato dal rosone, ci si trova davanti l’interno a croce romana, suddiviso in tre navate impreziosite da dipinti. L’abside accoglie il quadro della Madonna di Custonaci, in un fastoso arredo barocco, una grande tribuna marmorea ornata da quattro statue in legno del trapanese Pietro Cannamela. Il quadro è un dipinto su tavola del 1460 della Madonna in trono con il Bambino, incoronata da Angeli: leggenda vuole che sia stata salvata dal mare. Nel santuario, affreschi di Domenico La Bruna, le tele di Giuseppe Felici e la decorazione pittorica di Carlo Righetto, oltre al superbo coro ligneo settecentesco, intagliato e dipinto. All’interno del santuario nel 2005, è stato aperto il Museo di arte e fede che custodisce opere d’arte sacra.