È il cuore della devozione di Custonaci: il santuario di Maria Santissima di Custonaci con la Madonna salvata dal mare, è di origini tardo cinquecentesche, restaurato nel XX secolo, e sorge su una precedente cappella dedicata alla Vergine. Superato il sagrato, a motivi geometrici e floreali con piccole pietre, si arriva al portale ad archi ogivali sormontato dal rosone. L’interno è a croce romana, suddiviso in tre navate arricchite da dipinti. L’abside ospita il quadro della Madonna di Custonaci in un fastoso arredo barocco, una grande tribuna marmorea ornata da quattro statue in legno del trapanese Pietro Cannamela. Il quadro del 1460 è un dipinto su tavola della Madonna incoronata dagli Angeli, in trono con il Bambino. Nel santuario si trovano affreschi di Domenico La Bruna, le tele di Giuseppe Felici e la decorazione pittorica di Carlo Righetto oltre al superbo coro ligneo settecentesco intagliato e dipinto. Accanto al santuario mariano dal 2005 è stato aperto il Museo di arte e fede che custodisce opere d’arte sacra.