Il Seminario dei Chierici ospita anche il Museo Diocesano che custodisce importanti suppellettili liturgiche del tesoro della Cattedrale e opere di arte sacra di altre chiese della diocesi: tra i pezzi più importanti, la splendida croce processionale della chiesa madre di Salemi, datata 1386, opera del maestro argentiere pisano Johannes de Cioni; e una collezione di reliquiari, tra cui quello di Santa Rosalia. Bellissime le sculture: il monumento funebre al vescovo Montaperto di Domenico Gagini, le statue di S. Ignazio e S. Bartolomeo e un drammatico Christus patiens in alabastro carnicino attribuito ad Ignazio Marabitti. Nella pinacoteca, la decorazione a fresco dell’ex chiesa dei gesuiti di Sant’ Ignazio di Loyola opera del pittore trapanese Domenico La Bruna.